CIENCIA INVESTIGACIÓN

CellMaps, un nuevo software libre para el manejo de redes biológicas

EFEFUTURO.- El Centro de Investigación Príncipe Felipe (CIPF) ha desarrollado un nuevo software libre que permite monitorizar, editar, explorar y analizar redes biológicas así como la integración de metadatos y que puede acoplarse a cualquier dispositivo web.

<p>Un investigador trabajando en el laboratorio. EFE Antonio Lacerda</p>

Un investigador trabajando en el laboratorio. EFE Antonio Lacerda

Se trata de CellMaps, que ofrece una aplicación muy avanzada a nivel gráfico y de interactividad, además de ayudar a comprender de qué manera la alteración de las complejas relaciones entre las moléculas dentro de la célula puede causar una enfermedad, ha informado el CIPF en un comunicado.

El artículo “Web-based network analysis and visualization using CellMaps” ha sido recientemente publicado en la revista Bioinformatics.
El trabajo ha sido elaborado por el laboratorio de Genómica Computacional del CIPF y nodo del Instituto Nacional de Bioinformática, que dirige Joaquín

Dopazo, junto al Departamento de Medicina de la Universidad de Cambridge y el Hospital Addenbrooke’s de Cambridge.

Para entender como se relaciona el genotipo y la actividad de los genes con la enfermedad son necesarias herramientas eficientes de visualización y análisis de redes complejas de interacción de moléculas y CellMaps permite visualizar distintos tipos de redes de interacción entre moléculas dentro de la célula.

Estas moléculas pueden ser proteínas, y distintos tipos de ARNs y metabolitos, por ejemplo, y las interacciones pueden ser físicas, regulatorias o funcionales.

Esta red puede ser obtenida de fuentes externas de conocimiento, como KEGG (The Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) o REACTOME o puede ser definida por el usuario.

Numerosas operaciones

Sobre esta red pueden realizarse numerosas operaciones y se pueden visualizar propiedades de las moléculas y estudiar cómo estas se distribuyen a lo largo de la red, así como realizar diversas comparaciones de redes y tests estadísticos.

Esta nueva herramienta ofrece un enorme abanico de posibilidades de análisis en un entorno fácil de manejar y está disponible en la dirección http://cellmaps.babelomics.org/

Las pocas herramientas actuales presentan limitaciones en cuanto a la complejidad de las redes que pueden analizar pero CellMaps puede ser usado de forma independiente o puede embeberse fácilmente en cualquier aplicación de web, permitiendo que cualquier base de datos de conocimiento o cualquier herramienta nueva de software incluyan de forma fácil el manejo de redes biológicas.

Este trabajo se ha desarrollado con las ayudas de MINECO, la Plataforma de Recursos Biomoleculares y Bioinformáticos del ISCIII, las ayudas del Programa PROMETEOII para grupos de investigación de excelencia de la Conselleria de Educación, el proyecto europeo ELIXIR-EXCELERATE y la Fundació la Marató TV3. EFE

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Publicado en: Ciencia

Se trata de CellMaps, que ofrece una aplicación muy avanzada a nivel gráfico y de interactividad, además de ayudar a comprender de qué manera la alteración de las complejas relaciones entre las moléculas dentro de la célula puede causar una enfermedad, ha informado el CIPF en un comunicado.

El artículo “Web-based network analysis and visualization using CellMaps” ha sido recientemente publicado en la revista Bioinformatics.
El trabajo ha sido elaborado por el laboratorio de Genómica Computacional del CIPF y nodo del Instituto Nacional de Bioinformática, que dirige Joaquín

Dopazo, junto al Departamento de Medicina de la Universidad de Cambridge y el Hospital Addenbrooke’s de Cambridge.

Para entender como se relaciona el genotipo y la actividad de los genes con la enfermedad son necesarias herramientas eficientes de visualización y análisis de redes complejas de interacción de moléculas y CellMaps permite visualizar distintos tipos de redes de interacción entre moléculas dentro de la célula.

Estas moléculas pueden ser proteínas, y distintos tipos de ARNs y metabolitos, por ejemplo, y las interacciones pueden ser físicas, regulatorias o funcionales.

Esta red puede ser obtenida de fuentes externas de conocimiento, como KEGG (The Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) o REACTOME o puede ser definida por el usuario.

Numerosas operaciones

Sobre esta red pueden realizarse numerosas operaciones y se pueden visualizar propiedades de las moléculas y estudiar cómo estas se distribuyen a lo largo de la red, así como realizar diversas comparaciones de redes y tests estadísticos.

Esta nueva herramienta ofrece un enorme abanico de posibilidades de análisis en un entorno fácil de manejar y está disponible en la dirección http://cellmaps.babelomics.org/

Las pocas herramientas actuales presentan limitaciones en cuanto a la complejidad de las redes que pueden analizar pero CellMaps puede ser usado de forma independiente o puede embeberse fácilmente en cualquier aplicación de web, permitiendo que cualquier base de datos de conocimiento o cualquier herramienta nueva de software incluyan de forma fácil el manejo de redes biológicas.

Este trabajo se ha desarrollado con las ayudas de MINECO, la Plataforma de Recursos Biomoleculares y Bioinformáticos del ISCIII, las ayudas del Programa PROMETEOII para grupos de investigación de excelencia de la Conselleria de Educación, el proyecto europeo ELIXIR-EXCELERATE y la Fundació la Marató TV3. EFE

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